Con motivo del 60.º cumpleaños del general Augusto Pinochet, el 25 de noviembre de 1975, cuatro delegaciones de jefes de la policía secreta del Cono Sur se reunieron en Santiago de Chile, por invitación de la DINA, el servicio de inteligencia chileno. Su reunión, celebrada en la Escuela de Guerra de la Alameda, la céntrica avenida de Santiago, fue convocada, según la agenda confidencial, «para establecer algo similar a INTERPOL», «pero dedicado a la subversión». Durante la reunión de tres días, los oficiales militares de Argentina, Bolivia, Chile, Paraguay y Uruguay acordaron formar un sistema de colaboración para identificar, rastrear, capturar y eliminar a los opositores izquierdistas de sus regímenes. Al concluir la conferencia el 28 de noviembre, un miembro de la delegación uruguaya se levantó para brindar por la convocatoria de la reunión y propuso que la nueva organización llevara el nombre del cóndor, el ave nacional del país anfitrión. Según las actas secretas de la reunión, hubo una «aprobación unánime». Los registros chilenos se refieren a Cóndor como «Sistema Cóndor». Los informes de inteligencia de la CIA lo denominaron Operación Cóndor. Fue, como escribe John Dinges en su exhaustiva historia, «Los Años del Cóndor», una agencia de «represión transfronteriza, cuyos equipos trascendieron las fronteras de los países miembros para lanzar misiones de asesinato y otras operaciones criminales en Estados Unidos, México y Europa». Su investigación documentó 654 víctimas de secuestro, tortura y desaparición durante el período operativo activo de Cóndor en el Cono Sur, entre 1976 y 1980. Una subdivisión de Cóndor, con el nombre en clave «Teseo» (por Teseo, el heroico rey guerrero de la mitología griega), estableció una unidad internacional de escuadrones de la muerte con sede en Buenos Aires que lanzó 21 operaciones en Europa y otros lugares contra opositores a los regímenes militares.
En el 50.º aniversario del inicio secreto de la Operación Cóndor, el Archivo de Seguridad Nacional publica una selección de documentos que registran la oscura historia de la represión transnacional bajo el sistema Cóndor. Los registros seleccionados incluyen:
El único documento conocido de la DINA sobre la reunión inaugural —la “Declaración de Clausura de la Primera Reunión Interamericana de Inteligencia Nacional”—, que resumía el acuerdo entre las cinco naciones originales del Cóndor.
El primer documento desclasificado de la CIA que menciona “CÓNDOR” como un “acuerdo de cooperación” contra la subversión. Este documento de la CIA, fuertemente censurado y fechado el 25 de junio de 1976, proporciona información inicial sobre la Segunda Reunión Cóndor, celebrada del 31 de mayo al 2 de junio en Santiago. Fue el primero de una oleada de cables de inteligencia de la CIA en el verano de 1976 sobre la evolución de Cóndor, de una colaboración para compartir inteligencia a un sistema transnacional de desaparición y asesinato. “Los temas abordados en la [segunda] reunión”, señalaba este informe de la CIA, “fueron más amplios que el simple intercambio de información sobre terrorismo y subversión”.
Una traducción de la CIA del acuerdo “Teseo”, un documento extraordinario que registra burocráticamente los procedimientos, presupuestos, horarios de trabajo y normas operativas para la selección, organización y envío de escuadrones de la muerte con el fin de eliminar a los enemigos específicos de los regímenes del Cono Sur. La base de operaciones “Teseo” estaría ubicada en Cóndor 1 (Argentina). Se esperaba que cada país miembro donara 10.000 dólares para cubrir los costos operativos, y se pagarían cuotas de 200 dólares “antes del 30 de cada mes” para gastos de mantenimiento del centro de operaciones. Los gastos de los agentes en misiones de asesinato en el extranjero se estimaron en 3.500 dólares por persona durante diez días, “con 1.000 dólares adicionales la primera vez para ropa”.
Un informe de la CIA sobre cómo la unidad Teseo seleccionará objetivos para “liquidar” en Europa y quiénes estarán al tanto de estas misiones. La fuente de inteligencia de la CIA sugiere que, en Chile, por ejemplo, Juan Manuel Contreras Sepúlveda, jefe de la Dirección de Inteligencia Nacional (DINA), quien ideó el concepto Cóndor y fue el catalizador de su concreción, coordinará detalles y listas de objetivos con el presidente chileno Augusto Pinochet Ugarte.
El primer informe para el secretario de Estado Henry Kissinger, alertándolo sobre la existencia de la Operación Cóndor y sus implicaciones políticas para Estados Unidos, fue publicado el 3 de agosto de 1973. En un extenso informe de su adjunto, Harry Shlaudeman, Kissinger fue informado de que las fuerzas de seguridad del Cono Sur habían establecido la Operación Cóndor para encontrar y eliminar terroristas en sus propios países y en Europa. Brasil está cooperando, aunque no se trata de operaciones de asesinato.
Juan Manuel mencionó memorandos de la CIA, escritos por el jefe de la división del Hemisferio Occidental, Ray Warren, que alertan sobre las misiones planeadas de Condor en Europa y expresan preocupación por la posibilidad de que la CIA sea culpada por los asesinatos de Condor en el extranjero. Un memorando indica que la CIA ha tomado medidas para anticiparse a las misiones, alertando a sus homólogos franceses de que agentes de Condor planeaban asesinar a individuos específicos que vivían allí.